Toch heeft mobiliteit in de EHOR soms ook onbedoelde gevolgen: aan de ene kant de toestroom van studenten uit lidstaten, met name in sommige disciplines zoals geneeskunde; aan de andere kant een "brain drain" (hersenemigratie) omdat bekwame studenten in het buitenland gaan studeren en soms niet terugkeren naar hun thuisland als ze hun studies hebben afgerond.
Pourtant, la mobilité au sein de l'EHEA entraîne parfois des conséquences inattendues: d'une part, un afflux d'étudiants provenant d'autres États membres, plus particulièrement dans certaines filières (la médecine, par exemple); d'autre part, une "fuite des cerveaux" dès lors que les étudiants quittent leur pays d'origine pour étudier à l'étranger et n'y retournent pas toujours au terme de leurs études.