Het DIS heeft een unieke technische opbouw met twee databanken, die logisch zijn gescheiden volgens hun toepassingsterrein, namelijk de douanesamenwerking in de EU (eerste pijler) en de intergouvernementele douanesamenwerking (derde pijler).
Le SID a une structure technique particulière composée de deux bases de données, logiquement séparées en fonction de leurs domaines distincts d'application, pour la coopération douanière de l'Union européenne (le 1er pilier) et la coopération douanière intergouvernementale (le 3ème pilier).