Gezien het voorlopige karakter van de procedure die aan een EOB ten grondslag ligt, mag de tenuitvoerlegging van een EOB niet worden geweigerd als het tot doel heeft mogelijke strijdigheid met het „ne bis in idem”-beginsel vast te stellen, of als de uitvaardigende autoriteit garandeert dat de als gevolg van de tenuitvoerlegging van een EOB overgedragen bewijsstukken niet zullen worden gebruikt om een persoon die in een andere lidstaat in laatste aanleg wegens dezelfde feiten is berecht, te vervolgen of een straf op te leggen.
Étant donné la nature préliminaire des procédures sous-tendant la décision d'enquête européenne, son exécution ne devrait pas être refusée lorsqu'elle vise à établir si une atteinte éventuelle au principe non bis in idem existe, ou lorsque l'autorité d'émission a donné l'assurance que les éléments de preuve transférés à la suite de l'exécution de la décision d'enquête européenne ne seront pas utilisés pour poursuivre ou sanctionner une personne qui a été définitivement jugée dans un autre État membre sur la base des mêmes faits.