Ondanks de realisatie van enkele omvangrijke projecten inzake energievoorziening, zoals de bouw van de waterkrachtcentrale van de Ruzizi II, die stroom levert aan de drie staten, heeft de CEPGL gedurende twee decennia stroef gefunctioneerd om uiteindelijk haar activiteiten stop te zetten vanaf het midden van de jaren negentig ingevolge opeenvolgende crisissen, met name de Rwandese genocide en de oorlogen in Congo.
En dépit de la réalisation de quelques projets d'envergure en matière énergétique, notamment la construction du barrage hydroélectrique de la Ruzizi II qui fournit de l'énergie aux trois États, la CEPGL a fonctionné de façon laborieuse pendant deux décennies pour finalement cesser ses activités à partir du milieu des années 90 en raison du déclenchement de crises successives, à savoir le génocide rwandais et les guerres congolaises.