Naast de oorspronkelijke gegevenscategorieën van het eerstegeneratiesysteem kan in SIS II ook worden gewerkt met vingerafdrukken, foto's, en kopieën van het Europees aanhoudingsbevel; tevens kunnen de belangen van personen van wie de identiteit wordt misbruikt, worden beschermd en kunnen links worden gelegd tussen verschillende signaleringen.
Outre les catégories initiales de données sur lesquelles portait le système de première génération, le SIS II sera en mesure de traiter les empreintes digitales, les photographies, les copies du mandat d’arrêt européen, les dispositions visant à protéger les intérêts des personnes dont l'identité est usurpée et les liens entre différents signalements.