Er zijn echter een aantal uitzonderingen zoals wanneer de Raad besluiten aanneemt inzake de uitvoering van EU-besluiten of sommige besluiten met betrekking tot het Europees Defensieagentschap (EDA) en permanente gestructureerde samenwerking (Permanent Structured Cooperation - PESCO), waar besluiten met gekwalificeerde meerderheid worden genomen.
Toutefois, il existe certaines exceptions, notamment en ce qui concerne certaines décisions du Conseil visant à mettre en œuvre une décision de l'UE et certaines décisions relatives à l'Agence européenne de défense (AED) et à la coopération structurée permanente, qui sont prises par un vote à la majorité qualifiée.