Omwille van hun bevoegdheden inzake begrotings- en beheerscontrole, volgen deze diensten van heel nabij de werking van het intern controlesysteem op voor wat betreft : het risicobeheer en de financiële controle, de uitoefening van hun bevoegdheden inzake beheerscontrole ten aanzien van de drie E's : economie, efficiëntie en effectiviteit,.De Federale Overheidsdienst Budget en Beheerscontrole verzekert eveneens een methodologische ondersteuning voor de interne controle van alle (programmatorische) federale overheidsdiensten.
En raison de leurs compétences en matière budgétaire et de contrôle de gestion, ces services seront amenés à suivre de près le fonctionnement du système de contrôle interne concernant : la gestion des risques et le contrôle en matière financière, la mise en oeuvre de leurs compétences en matière de contrôle de gestion au regard des trois E : économie, efficience, efficacité,.Le Service public fédéral Budget et Contrôle de la Gestion assure également un support méthodologique au contrôle interne de tous les services publics fédéraux et de programmation.