De vrees bestaat echter dat sommige lidstaten zich tegen dit initiatief zullen verzetten omdat zij van oordeel zijn dat de inmenging van de Commissie een reële bedreiging vormt voor de nationale soevereiniteit en de nationale bevoegdheden. Vooral de beslissingen betreffende de voorwaarden voor de installatie en exploitatie van nucleaire installaties liggen in dit verband nogal gevoelig.
Cependant, certains États membres, qui pourraient soulever des objections, pensent que la Commission interfère dans des questions relevant de la souveraineté nationale, s’agissant de la compétence pour prendre des décisions relatives aux conditions d’établissement et d’exploitation des installations nucléaires.