Men mag de negatieve gevolgen echter niet negeren. Hoewel ze de kwestie van de legitimiteit van de macht hebben opgelost, hebben de verkiezingen ervoor gezorgd dat de macht werd verdeeld tussen de krijgsheren, meer bepaald die waarmee Laurent Désiré Kabila de oorlog van 1996-1997 heeft gevoerd om Mobutu omver te werpen, maar ook alle rebellenbewegingen die daarna diezelfde Kabila hebben getracht omver te werpen (MLC, RCD, ...).
En résolvant la question de la légitimité du pouvoir, elles ont occasionné un partage du pouvoir entre des seigneurs de guerre, à savoir ceux qui avec Laurent Désiré Kabila ont mené la guerre en 1996-1997 pour renverser Mobutu, mais aussi tous les mouvements rebelles qui ont par la suite tenté de renverser ce même Kabila (MLC, RCD ...).