Met het Verdrag van Amsterdam, dat in 1999 in werking trad, veranderde de situatie nog verder: een sterke verruiming van de gebieden waarop de medebeslissingsprocedure van toepassing was, waarbij ook de oorspronkelijke medebeslissingsprocedure zelf werd gewijzigd. Er ontstond nu de mogelijkheid van overeenstemming in eerste lezing tussen Parlement en Raad, en tevens kwam er meer stroomlijn in de verdere fasen van de procedure.
Entré en vigueur en 1999, le traité d'Amsterdam a une nouvelle fois changé la donne en élargissant sensiblement le champ d'application de la procédure de codécision et en réformant profondément la procédure initiale, notamment en permettant un accord en première lecture entre le Parlement et le Conseil et en simplifiant par ailleurs les phases suivantes de la procédure.
