De doelen van de partnerschapovereenkomst worden in vier operationele programma's (Vlaanderen, Brussel, Wallonië-Brussel en de Duitstalige Gemeenschap) in investeringsprioriteiten en concrete maatregelen verdeeld, waardoor de individuele projecten overeenkomstig de met de Commissie overeengekomen prioriteiten en streefdoelen kunnen worden gekozen, uitgevoerd, gemonitord en beoordeeld.
Les priorités d'investissements et les mesures concrètes sous-tendant les objectifs de l'accord de partenariat s'articuleront en quatre programmes opérationnels (Flandre, Bruxelles, Wallonie-Bruxelles et Communauté germanophone), qui permettront de choisir, d'exécuter, de suivre et d'évaluer les projets en fonction des priorités et des cibles convenues avec la Commission.