Bij wijze van uitzondering, en alleen in 1994-96, wordt geld geïnvesteerd in infrastructurele projecten ten behoeve van het milieu, die normaliter onder berusting van de centrale overheid vallen, zoals rioleringssystemen (bijvoorbeeld in Alcalá de Henares en Parla), het netwerk van afvalwaterzuiveringsinstallaties in de steden en de infrastructuur voor het ophalen en verwerken van vast afval (bijvoorbeeld een ophaalauto met een pneumatisch systeem in Zarzaquemada).
À titre exceptionnel, et uniquement pour la période 1994-1996, le FEDER finance également des projets d'infrastructures d'intérêt environnemental, qui sont normalement du ressort du gouvernement central : par exemple, des réseaux d'égouts (notamment à Alcalá de Henares et à Parla), des réseaux de stations d'épuration des eaux urbaines, ou le ramassage des déchets solides et leur traitement (ramassage des vieux pneus de voiture à Zarzaquemada).