In laatstgenoemd geval moet voor het "fonds" een specifieke uitvoeringsovereenkomst worden opgesteld, waarin met name wordt bepaald dat afzonderlijke rekeningen moeten worden bijgehouden, waarin de nieuwe middelen die in het fonds worden geïnvesteerd (waaronder de bijdrage van de structuurfondsen) duidelijk worden onderscheiden van de oorspronkelijk in de instelling beschikbare middelen.
Dans ce dernier cas, le fonds doit faire l'objet d'une convention de mise en oeuvre séparée, prévoyant notamment la tenue d'une comptabilité séparée pour différencier les ressources nouvellement investies dans le fonds (y compris celles des Fonds structurels) des fonds initiaux de l'institution.