EAR is gevestigd in Thessaloniki en beschikt over operationele centra in Belgrado (Servië en Montenegro-Servië), Podgorica (Servië en Montenegro-Montenegro), Pristina (Servië en Montenegro-Kosovo, krachtens resolutie 1244 van de VN-Veiligheidsraad) en Skopje (de voormalige Joegoslavische republiek Macedonië).
Le siège de l’AER se trouve à Thessalonique et des centres opérationnels ont été établis à Belgrade (Serbie-et-Monténégro - Serbie), Podgorica (Serbie-et-Monténégro - Monténégro), Pristina (Serbie-et-Monténégro - Kosovo, dont le statut est défini par la résolution 1244 du Conseil de sécurité des Nations unies) et Skopje (ancienne République yougoslave de Macédoine).