Het EDCTP2 wordt door de EDCTP2-IS uitgevoerd op basis van een jaarwerkplan en een strategisch meerjarenwerkplan, die worden opgesteld door de EDCTP2-IS, in overleg met de belanghebbenden, en na goedkeuring, na peer review, door de Commissie worden vastgesteld door de algemene vergadering van de EDCTP2-IS.
Le programme EDCTP-II est mis en œuvre par l'EDCTP-II-IS sur la base d'un plan de travail annuel et d'un plan de travail stratégique pluriannuel élaborés par l'EDCTP-II-IS, en concertation avec les parties concernées, et adoptés par son assemblée générale après une évaluation internationale par les pairs et sous réserve de l'approbation par la Commission.