De vaststelling van Verordening (EG) nr. 881/2004 van het Europees Parlement en de Raad van 29 april 2004 tot oprichting van een Europees Spoorwegbureau enerzijds en van de Richtlijn 2004/49/EG van het Europees Parlement en de Raad van 29 april 2004 inzake de veiligheid van de communautaire spoorwegen anderzijds, maakte het daarenboven noodzakelijk een aantal bepalingen uit de Richtlijnen 96/48/EG en 2001/16/EG te wijzigen.
De plus, à la suite de l'adoption du Règlement (CE) n° 881/2004 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 instituant une Agence ferroviaire européenne, d'une part, et de la Directive 2004/49/CE du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 concernant la sécurité des chemins de fer communautaires, d'autre part, il était nécessaire de reformuler certaines dispositions des Directives 96/48/CE et 2001/16/CE.