De Rekenkamer heeft talrijke moeilijkheden rond de uitvoering van de tweede fase van LIFE II vastgesteld; het gaat met name om personeelsuitgaven die niet berusten op betrouwbare registraties en onder meer bestaan uit bezoldigingen van ambtenaren die reeds gewoon uit overheidsbegrotingen werden betaald, forse vertragingen bij het verrichten van betalingen, en onvolkomenheden in het financieringsplan van projecten en in de boekhoudsystemen.
La Cour a relevé de nombreuses difficultés affectant la mise en œuvre de LIFE II, notamment des dépenses de personnel non étayées par des enregistrements fiables et comprenant des traitements de fonctionnaires déjà couverts normalement par les budgets publics, des retards importants d'exécution des paiements, des insuffisances au niveau du montage financier des projets et des systèmes comptables.