De specifieke uitvoeringsstructuur moet worden opgezet als een sobere en kosteneffectieve externe structuur die de vorm aanneemt van een uitvoerend agentschap van de Commissie – het Uitvoerend Agentschap Europese Onderzoeksraad (ERCEA). De rol van de specifieke uitvoeringsstructuur is het specifieke programma "Ideeën" uit te voeren totdat het ERCEA operationeel wordt. De taken van de ERC-DIS worden waargenomen door Directoraat S van DG Onderzoek, een nieuw directoraat dat op 1 oktober 2006 voor dit doel in het leven is geroepen.
La structure spécifique de mise en œuvre doit être une structure externe légère et efficiente, sous forme d'une agence exécutive de la Commission (l'agence exécutive du CER – l'AECER) chargée de mettre en œuvre le programme «Idées». En attendant l'entrée en fonction de l'AECER, les fonctions de la SSMO-CER sont assurées par la direction S de la DG Recherche, une nouvelle direction créée à cet effet le 1er octobre 2006.