Intussen zijn met het Verdrag van Lissabon zelf beperkingen aan een dergelijk burgerinitiatief opgelegd, namelijk in artikel 11, waarin staat dat een miljoen handtekeningen van een aanzienlijk aantal lidstaten vereist is, en daarnaast is vastgelegd dat burgers de Europese Commissie alleen kunnen uitnodigen om een passend voorstel in te dienen over onderwerpen die volgens deze burgers een rechtsinstrument nodig hebben om de Verdragen te kunnen toepassen.
Par ailleurs, le traité sur l’Union européenne lui-même limite la portée de l’initiative citoyenne en précisant, en son article 11, qu’un million au moins de signatures en provenance d’un nombre significatif d’États membres sont requises. Le même article précise que cette initiative n’a d’autre pouvoir que d’inviter la Commission européenne à soumettre une proposition appropriée sur des questions pour lesquelles ces citoyens considèrent qu’un acte juridique de l’Union est nécessaire à l’application des traités.