Volgens artikel 5, lid 2, van genoemd protocol moet echter ieder nieuw voorstel betreffende het Schengenacquis gebaseerd zijn op de passende rechtsgrondslag of rechtsgrondslagen in de verdragen, ook al heeft de Raad de desbetreffende elementen van het Schengenacquis niet verdeeld tussen de eerste en de derde pijler.
Toutefois selon l'article 5 2 de ce même Protocole, toute proposition nouvelle relative à l'acquis de Schengen doit être fondée sur la ou les bases juridiques appropriées dans les traités même si le Conseil n'a pas ventilé les éléments pertinents de l'acquis de Schengen entre le premier et le troisième pilier.