Het is dan ook uitgegroeid tot een belangrijk centrum voor deskundigheid op het gebied van luchtverkeersbeheer. Na de uitbreiding van de EU-bevoegdheid tot luchtverkeersbeheer, is Eurocontrol begonnen zich te reorganiseren om zich af te stemmen het beleid inzake het gemeenschappelijk Europees luchtruim: ten eerste om het beginsel van scheiding tussen regelgevende activiteiten en dienstverlening na te leven, en ten tweede om overlapping te voorkomen met de toenemende rol van de Commissie en het EASA op het gebied van beleidsvorming, regelgeving, certificering en toezichtsactiviteiten.
À la suite de l’extension des compétences de l’UE aux questions d’ATM, Eurocontrol a lancé un processus de réorganisation pour s'aligner sur la politique du ciel unique européen, d'une part pour respecter le principe de séparation des activités réglementaires et de fourniture de services, et d'autre part pour éviter les doubles emplois, compte tenu du rôle accru joué par la Commission et l'AESA en matière d'élaboration des politiques et d'activités de réglementation, de certification et de surveillance.