Differences arise, in particular, in the mismatched levels of funding, the programming process (separate programming exercises), project selection (separate assessment and selection processes and decision procedures), project implementation (different rules governing internal and external procurement processes), and project monitoring (different reporting, monitoring and evaluation procedures).
Problemen vloeien met name voort uit de slechte onderlinge afstemming van financieringsmiddelen, het programmeringsproces (afzonderlijke programmering), de selectie van projecten (afzonderlijke beoordelings- en selectieprocessen, besluitvormingsprocedures), de implementatie van projecten (verschillende regels voor interne en externe aanbestedingsprocessen), en projectmonitoring (verschillende procedures voor rapportage, monitoring en evaluatie).