Toutefois, chez l’animal comme chez l’homme, l’utilisation d’antibiotiques peut favoriser l’apparition de bactéries résistantes (qui ont développé une résistance face à l’antibiotique administré), conduisant ainsi à l’apparition de maladies de plus en plus difficiles à traiter (pour lesquelles il faut trouver d’autres antibiotiques, conduisant à une sorte d’escalade).
Zowel bij dier als mens kan het gebruik van antibiotica evenwel het ontstaan van resistente bacteriestammen bevorderen (d.w.z. stammen die resistent zijn geworden tegen het toegediende antibioticum). Hierdoor steken er ziekten de kop op die steeds moeilijker te behandelen zijn (waarvoor men andere antibiotica moet zoeken, wat tot een soort sneeuwbaleffect leidt).