Si une majeure partie des acides biliaires qui gagnent la lumière intestinale via la sécrétion biliaire sont réabsorbés via le cycle entérohépatique, une fraction atteint le colon où les bactéries anaérobies les transforment en acides biliaires secondaires (acides lithocholique, désoxycholique).
Ook al wordt een groot deel van de galzuren die via de galafscheiding in het darmlumen terechtkomt, via de enterohepatische cyclus opnieuw geabsorbeerd, toch bereikt een fractie de dikke darm, waar de anaërobe bacteriën ze tot secundaire galzuren (lithochol-, deoxycholzuur) omvormen.