Du fait de sa nature cationique, la chlorhexidine se lie fortement à la peau, aux muqueuses et aux autres tissus ; elle est donc très faiblement absorbée.
Omwille van het kationisch karakter bindt chloorhexidine sterk aan de huid, de mucosa en andere weefsels en wordt aldus slechts in zeer geringe mate geabsorbeerd.