L’anidulafungine est un inhibiteur sélectif de la ß-1,3-D glucane synthase, une enzyme présente dans les cellules fongiques mais pas dans les cellules de mammifères, ce qui inhibe la synthèse du ß-1,3- D glucane, un constituant essentiel de la paroi cellulaire fongique.
Anidulafungin remt selectief de 1,3-β-D-glucan synthase, een enzym dat wel aanwezig is in schimmel-, maar niet in zoogdiercellen. Hierdoor wordt de aanmaak van 1,3-�-D-glucan geremd, een essentieel bestanddeel van de schimmelcelwand.