En effet, chaque année et pour chaque secteur de la chaîne, un programme de contrôle est établi. Celui-ci tient compte de nombreux paramètres : risques, importance du produit dans la chaîne alimentaire, résultats antérieurs, législations, nouveautés scientifiques, plaintes, etc…ce travail ainsi que le suivi des relations internationales est assuré par la Direction générale « Politique de contrôle »
Elk jaar wordt voor elke sector in de voedselketen een controleprogramma opgemaakt dat rekening houdt met een groot aantal parameters: de risico’s, het belang van het product in de voedselketen, eerdere controleresultaten, de wetgeving, wetenschappelijk onderzoek, klachten, enz. Hiervoor staat het bestuur Controlebeleid in, dat daarnaast ook de internationale relaties voor zijn rekening neemt.