Des données de pharmacocinétique indiquent cependant que l’atovaquone diminuerait la vitesse de métabolisation de la zidovudine en son métabolite glucuronoconjugué (à l’état d’équilibre, l’aire sous la courbe de la zidovudine est augmentée de 33% et le pic des concentrations plasmatiques du métabolite glucuronoconjugué est diminué de 19%).
Farmacokinetische gegevens wijzen er echter op dat atovaquon de snelheid waarmee zidovudine tot zijn glucuronidemetaboliet wordt omgezet, verlaagt (de AUC van zidovudine bij steady-state was met 33% vergroot en de piekplasmaconcentratie van het glucuronide was met 19% gedaald).