Néanmoins, dans de très rares cas et après un bilan microbiologique de l’organisme responsable ainsi qu'une évaluation du rapport risque/bénéfice, la ciprofloxacine peut être prescrite à ces patients pour traiter certaines infections graves, particulièrement en cas d’échec de la thérapie de référence ou de résistance bactérienne, pour autant que les données microbiologiques puissent justifier l’utilisation de la ciprofloxacine.
In zeer zeldzame gevallen kan ciprofloxacine niettemin worden voorgeschreven, na microbiologische documentatie van het veroorzakende organisme en afweging van de baten en risico's, aan deze patiënten voor de behandeling van sommige ernstige infecties, vooral als de standaardtherapie heeft gefaald of bacteriële resistentie is ontstaan, waar de microbiologische gegevens het gebruik van ciprofloxacine rechtvaardigen.