Le bon fonctionnement du système de contrôle interne repose sur la nature humaine et de ce fait ne peut être totalement à l'abri d'erreurs, d'abus, de fraudes, d'événements extérieurs non liés à l'organisation, de décisions erronées, d'une mauvaise communication, d'abus de pouvoir, de collusion, etc. Par ailleurs le coût du contrôle interne limite le choix des mesures à mettre en place.
De goede werking van het intern controlesysteem rust op de menselijke aard en kan daarom niet volledig vrij zijn van fouten, misbruiken, fraude, externe gebeurtenissen die niet aan de organisatie gebonden zijn, verkeerde beslissingen, een slechte communicatie, machtsmisbruik, samenspanning, enz. Overigens beperkt de kost van de interne controle de keuze van de te nemen maatregelen.