L'Institut comporte 4 Directions opérationnelles (DO) : Taxonomie et Phylogénie, Milieux naturels, Terre et Histoire de la Vie, et Publics, un Service Scientifique Patrimoine ainsi qu'une Direction d'Appui.
Het Instituut is opgedeeld in 4 Operationele Directies (OD) : Taxonomie en Fylogenie, Natuurlijk Milieu, Aarde en Geschiedenis van het Leven, en Publiek, een Wetenschappelijke Dienst Patrimonium alsook een Ondersteunende Directie.