Toutefois, durant les négociations, de nombreuses parties prenantes africaines, mais aussi européennes, ont pris conscience du fait que certains pays ACP pourraient se trouver désavantagés par les APE, au lieu d'en tirer profit.
Gedurende de onderhandelingen hebben vele Afrikaanse, maar ook Europese belanghebbenden echter de indruk gekregen dat een aantal ACS-landen met de EPO’s misschien zullen verliezen in plaats van winnen.