L'audit, réalisé par la Cour des comptes en 2006, portant sur l'organisation administrative et comptable de Fedasil a identifié un certain nombre d'améliorations à apporter au système de contrôle interne des dépenses de fonctionnement des centres d'accueil fédéraux et des subsides versés aux partenaires de l'accueil.
De audit gerealiseerd door het Rekenhof in 2006, betreffende de administratieve en boekhoudkundige organisatie van Fedasil, heeft inderdaad gewezen op een aantal verbeteringen in het interne controlesysteem op de werkingsuitgaven van de federale opvangcentra en op de subsidies die aan de opvangpartners werd gestort.