D'après la Commission, s'ajoute aussi le fait que la directive ne garantit pas en soi que les données conservées seront stockées, extraites et utilisées dans le strict respect du droit à la vie privée et à la protection des données à caractère personnel et que, dès lors, des juridictions ont annulé la législation transposant la directive dans certains États membres.
Volgens de Commissie biedt de richtlijn op zich niet de waarborg dat gegevens worden bewaard, opgehaald en gebruikt met volledige inachtneming van het recht op privacy en de bescherming van persoonsgegevens, hetgeen ertoe heeft geleid dat rechtbanken in sommige lidstaten de wetgeving tot omzetting van de richtlijn hebben vernietigd.