Compte tenu de la compétence qui a été octroyée aux régions par l'article 6, § 1 , VI, alinéa 1 , 3º, de la loi spéciale du 8 août 1980 de réformes institutionnelles en matière de politique des débouchés et des exportations, l'Agence est administrée par un conseil d'administration majoritairement composé de représentants désignés par les régions dans cet organisme (article 6 de l'accord de coopération); le contrôle des décisions du conseil d'administration est confié par ailleurs aux seuls gouvernements régionaux (article 7 de l'accord de coopération).
Gelet op de bevoegdheid die aan de gewesten wordt toegekend bij artikel 6, § 1, VI, eerste lid, 3º, van de bijzondere wet van 8 augustus 1980 tot hervorming der instellingen, wat het afzet- en uitvoerbeleid betreft, wordt het Agentschap bestuurd door een raad van bestuur die hoofdzakelijk bestaat uit door de gewesten in dit orgaan aangewezen vertegenwoordigers (artikel 6 van het samenwerkingsakkoord); het toezicht op de beslissingen van de raad van bestuur wordt bovendien alleen aan de gewestregeringen toevertrouwd (artikel 7 van het samenwerkingsakkoord).