Les mêmes exigences en matière de cohérence et d'amélioration de la coordination s'appliquent aux agences de l'Union [Europol, Eurojust, Frontex, le Collège européen de police (CEPOL), Observatoire européen des drogues et des toxicomanies (OEDT), futur bureau européen d'appui en matière d'asile (BEAA) et l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne].
Deze behoefte aan coherentie en betere coördinatie geldt ook de agentschappen van de Unie (Europol, Eurojust, Frontex, Europese Politieacademie (CEPOL), het Europees Waarnemingscentrum voor drugs en drugsverslaving (EMCDDA), het Europees Ondersteuningsbureau voor asielzaken (EASO), en het Bureau van de Europese Unie voor de grondrechten).