L'article 4, paragraphe 3, de la décision 2006/972/CE dispose que le CER est constitué d'un Conseil scientifique indépendant (ci-après «le Conseil scientifique»), secondé par une structure de mise en œuvre spécifique.
Volgens artikel 4, lid 3, van Beschikking 2006/972/EG moet de Europese Onderzoeksraad bestaan uit een onafhankelijke Wetenschappelijke Raad (hierna „de Wetenschappelijke Raad” genoemd), te ondersteunen door een specifieke uitvoeringsstructuur.