L'article 12 quater, paragraphe 2, du protocole dispense l'Andorre de l'obligation d'appliquer les mesures douanières de sécurité (dispositions relatives à la déclaration des marchandises préalablement à leur introduction dans le territoire douanier ou à leur sortie de ce territoire douanier, aux opérateurs économiques agréés ainsi qu'aux contrôles douaniers de sécurité et à la gestion des risques en matière de sécurité) définies à l'article 12 ter, paragraphe 1, au transport des marchandises entre les territoires douaniers de l'Union européenne et de l'Andorre, aussi longtemps que les parties s'engagent à les appliquer et à garantir un niveau de sécurité équivalent aux frontières externes.
Artikel 12 quater, lid 2 van het protocol ontslaat Andorra van de verplichting om douaneveiligheidsmaatregelen toe te passen (bepalingen die betrekking hebben op de aangifte van goederen voordat deze dit douanegebied binnenkomen of verlaten, op de geautoriseerde marktdeelnemers alsook op de douaneveiligheidscontroles en het veiligheidsrisicobeheer), zoals bepaald in artikel 12 ter, lid 1, voor het vervoer van goederen tussen de douanegebieden van de EU en Andorra, zolang de partijen zich ertoe verbinden deze bepalingen toe te passen en zodoende aan hun buitengrenzen een gelijkwaardig veiligheidsniveau garanderen.