Elle renforce également le rôle des organismes de contrôle ferroviaire nationaux indépendants en introduisant, notamment, le droit de contrôler la structure et le niveau des redevances ainsi que les modalités d'accès aux installations de service (telles que les terminaux et les gares) et de réaliser des audits des comptes des gestionnaires d'infrastructure, des entreprises ferroviaires et des exploitants d'installations de service.
De richtlijn versterkt ook de rol van de onafhankelijke nationale toezichthoudende instanties voor het spoor doordat zij onder meer het recht invoert om toezicht te houden op de structuur en de hoogte van de heffingen alsmede op de regelingen voor de toegang tot dienstvoorzieningen (zoals terminals en stations) en om audits uit te voeren van de rekeningen van infrastructuurbeheerders, spoorwegondernemingen en exploitanten van dienstvoorzieningen.