Cependant, dans la pratique, elles sont souvent confrontées à des ingérences de la Commission européenne ou de la Cour de justice des Communautés européennes qui apprécient leurs activités du point de vue des règles du marché intérieur, par exemple en considérant que le financement croisé est contraire aux règles relatives aux aides d'État, en imposant de lourdes obligations de marché public ou en traitant certaines obligations de service public comme des obstacles au marché unique européen.
In de praktijk krijgen zij echter vaak te maken met inmenging door de Europese Commissie of het Europese Hof van Justitie die hun activiteiten vanuit het perspectief van de EU-regels voor de interne markt hebben beoordeeld - door bijvoorbeeld kruissubsidiëring in strijd te achten met de regels inzake staatssteun, dan wel belastende verplichtingen in verband met overheidsaanschaffingen of koppeling van sommige verplichtingen aan openbare diensten als belemmeringen van de Europese interne markt te behandelen.