La gestion de l'ISPA a rencontré de nombreuses difficultés au moment de sa réalisation concrète c'est-à-dire à partir de l'année de programmation 2000, comme le Parlement a déjà pu l'observer dans sa résolution sur les Fonds structurels, le Fonds de cohésion et ISPA (A5-202/2002), de même que la Cour des comptes dans le rapport annuel 2000. Ces difficultés ont été partiellement aplanies vu le caractère innovant de ce programme et la nécessité de réaliser des projets selon les règles communautaires dans des pays qui ne font pas partie de l'UE et dans lesquels ces règles ne sont pas en vigueur et sont souvent méconnues.
Het beheer van het ISPA is, zoals het Parlement reeds heeft opgemerkt in zijn resolutie over de structuurfondsen, het Cohesiefonds en het ISPA (A5-0202/2002), en zoals ook de Rekenkamer aangeeft in haar jaarverslag over 2000, vanaf het programmajaar 2000 gepaard gegaan met tal van praktische uitvoeringsproblemen, die ten dele te voorzien waren, gelet op het innoverende karakter van het programma en het feit dat de projecten volgens communautaire normen moesten worden uitgevoerd in landen die geen deel uitmaken van de EU en waar dergelijke regels nog niet gelden en vaak ook gewoon onbekend blijken te zijn.
