Pour veiller à ce que les missions de l'agence soient effectivement accomplies, il y a lieu que les États membres et la Commission soient représentés au sein d'un conseil d'administration doté des pouvoirs nécessaires pour établir le budget, vérifier son exécution, adopter des règles financières appropriées, établir des procédures de travail transparentes pour la prise de décision par l'Agence, adopter le programme de travail, examiner les demandes d'assistance technique émanant des États membres, définir une politique en matière de visites dans les États membres et nommer le directeur exécutif.
Teneinde de uitoefening van de taken van het Agentschap doeltreffend te verzekeren, zijn de lidstaten en de Commissie vertegenwoordigd in een raad van bestuur die is toegerust met de noodzakelijke bevoegdheden om de begroting vast te stellen, de uitvoering van de begroting te verifiëren, de passende financiële voorschriften vast te stellen, doorzichtige werkmethoden voor de besluitvorming door het Agentschap vast te stellen, het werkprogramma goed te keuren, verzoeken om technische bijstand van de lidstaten te onderzoeken, een beleidslijn vast te stellen voor de inspectiebezoeken aan de lidstaten en de uitvoerend directeur te benoemen.