Contrairement à l'approche suivie pour les deux autres instruments de préadhésion, PHARE et ISPA, dans lesquels la Commission exerce un contrôle ex ante sur quelques éléments clés au moins, dans le cadre du Sapard, elle ne s'occupe ni de la gestion, ni même de la sélection des projets.
Uit de bij Sapard gevolgde programma-aanpak volgt ook dat de Commissie bij Sapard, in tegenstelling tot beide andere pretoetredingsinstrumenten, Phare en ISPA, waarbij enkele kernelementen zijn onderworpen aan een voorafgaande controle door de Commissie, niet bij het beheer is betrokken, en zelfs niet bij de projectkeuze.