La Commission s'occupe du premier pilier, alors que pour le deuxième pilier (PESC), c'est la présidence du Conseil et le haut représentant de la PESC qui sont responsables de la mise en oeuvre des actions PESC (bien que la mise en oeuvre du budget soit du ressort de la Commission).
Terwijl bij de eerste pijler de Commissie de leiding heeft, zijn bij de tweede pijler (GBVB) het voorzitterschap van de Raad en de hoge vertegenwoordiger voor het GBVB verantwoordelijk voor de uitvoering van GBVB-maatregelen (hoewel de Commissie verantwoordelijk blijft voor de uitvoering van de begroting).