Frontex peut coopérer avec Europol, le Bureau européen d’appui en matière d’asile, l’Agence des droits fondamentaux de l’Union européenne, les autorités de pays non-membres de l’UE et les organisations internationales telles que le Haut-Commissariat des Nations unies pour les réfugiés et l’Organisation internationale pour les migrations (OIM).
Frontex kan samenwerking met Europol, het Europees Ondersteuningsbureau voor asielzaken, het EU-Bureau voor de grondrechten, autoriteiten van niet-EU-landen en internationale organisaties zoals het Bureau van de Hoge Commissaris van de Verenigde Naties voor vluchtelingen en de Internationale Organisatie voor Migratie (IOM).