Étant donné que l'IET, tel que proposé par la Commission, représente une structure/organisation qui est très similaire (ou quasiment identique) à celle d'une agence, le rapporteur pour avis, en coopération avec le rapporteur permanent compétent pour les agences, propose plusieurs amendements qui tendent à aligner la structure organisationnelle de l'IET sur celle des agences qui existent déjà, comme l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne.
Aangezien het EIT zoals door de Commissie voorgesteld een structuur/organisatie is die sterk op een agentschap lijkt (en daar zelfs bijna identiek aan is), suggereert de rapporteur, samen met de vaste rapporteur voor agentschappen, een aantal amendementen die de organisatiestructuur van het EIT doen aansluiten bij die van reeds bestaande agentschappen, zoals het Europees Bureau voor de grondrechten.