Avec le traité d'Amsterdam, entré en vigueur le 1er mai 1999, cette tendance fut encore accentuée et amena les deux institutions, à la suite également des circonstances ayant conduit à la démission de la Commission présidée par Jacques Santer, à conclure un accord-cadre beaucoup plus ambitieux et visant à régir l'ensemble des aspects de leurs relations.
Met het op 1 mei 1999 in werking getreden Verdrag van Amsterdam werd deze tendens verder doorgezet en werd voor beide instellingen de basis gelegd, mede op gang gebracht door de omstandigheden die leidden tot het aftreden van de door Jacques Santer voorgezeten Commissie, voor de sluiting van een veel ambitieuzer kaderakkoord waarin alle aspecten van de betrekkingen worden geregeld.