Les nouveaux traitements par l'hadronthérapie sont plus onéreux que la radiothérapie classique: si le coût de l'appareillage, qui est très sophistiqué, et des infrastructures nécessaires est élevé (ce qui est dû essentiellement aux faisceaux de hadrons), les frais de personnel le sont encore davantage.
De nieuwe bestralingsbehandelingen met hadrontherapie zullen duurder zijn dan de standaard x-stralentherapie : de kostprijs van de zeer gesofisticeerde uitrusting (het zijn vooral de hadronstralen die de hoge kostprijs bepalen) en van de gebouwen is belangrijk, maar de personeelskosten zijn dat nog meer.