Contrairement à ce que croient souvent les patients et les prestataires de soins, la prise d'IPP peut engendrer des complications, telles qu'un affaiblissement de la production d'acide gastrique et de pepsinogène. L'inactivation de ces enzymes digestives importantes peut ensuite provoquer des troubles stomacaux et intestinaux tels que nausée, diarrhée, douleur, résistance réduite et, paradoxalement, reflux.
In tegenstelling tot wat patiënten en zorgverleners vaak denken, zijn PPI's niet vrij van complicaties, waaronder een gedaalde maagzuursecretie, pepsinogeen en door deze inactivatie van belangrijke spijsverteringsenzymen maag-darmlast zoals misselijkheid, diarree, pijn, verminderde weerstand, en paradoxaal genoeg reflux.