L'objectif du Protocole de Nagoya est de créer un système, basé sur la confiance, dans lequel les ressources génétiques circulent autour du globe, puisque les fournisseurs et les utilisateurs savent tous les deux qu'ils profiteront de ces flux.
Het doel van het NP is een op vertrouwen gebaseerd systeem op te zetten in het kader waarvan genetische rijkdommen wereldwijd kunnen circuleren, aangezien zowel de verstrekkers als de gebruikers ervan beseffen dat zij daar baat bij hebben.